Metal Gear Solid 3: Snake Eater - La nascita di Big Boss

Nikolai Stephanovitch Sokolov, uno scienziato Russo, è al lavoro su un progetto segreto per l’Unione Sovietica, lo Shagohod. Gli Stati Uniti d’America, temendo che questo rafforzi il potere dell'Unione Sovietica, organizzano una missione di infiltrazione per prelevare lo scienziato.

24 Agosto 1964: Missione Virtuosa

Questa è la prima missione di combattimento della Unità FOX, composta dal leader Maggiore Zero, Paramedico, John e The Boss. John, col nome in codice Naked Snake per questa missione, riceve l'aiuto degli altri membri dell'Unità FOX  tramite radio e riceve l'ordine dal Maggiore Zero di infiltrarsi a Tselinoyarsk per salvare Sokolov.

Durante questa missione incontrerà il Maggiore Ocelot e la sua unità, un gruppo elite di Spetsnaz sotto diretto controllo del GRU comandato dal Colonnello Volgin. Ocelot tenta senza successo di portare Sokolov indietro, subito dopo il suo ritrovamento da parte di Snake.

Poco prima del termine della missione, Snake incontra di nuovo The Boss, il mentore che non aveva visto per ben sette anni. Lei lo ferisce violentemente e lo lascia tramortito, dicendogli di essere passata alla fazione avversaria riformando l' Unità Cobra per l'occasione. Così lei ricattura Sokolov e volge verso l'Unione Sovietica con Volgin, Ocelot, Tatyana (un potenziale agente KGB fintasi l'amante di Sokolov sotto cattura) e lo Shagohod.

Uno dei due Davy Crockett, missili americani a testata nucleare, portati da The Boss a Volgin, viene lanciato sullo studio di progettazione di Sokolov, OKB-754. La Missione Virtuosa fallisce.

Nikita Sergeyevich Khrushchev, leader dell'Unione Sovietica, si serve del “Telefono Rosso” per chiamare il Presidente degli Stati Uniti Baines Johnson che deve renere conto del perché un missile americano sia esploso su suolo russo. Per evitare ritorsioni, la Terza Guerra Mondiale e per spazzare via ogni sospetto, il governo americano non ha altra scelta che uccidere Volgin, responsabile del disastro e uccidere The Boss, che ha tradito il suo Paese. viene inoltre richiesto al Governo americano di reperire il secondo missile Davy Crockett e salvare Sokolov. Naked Snake viene incaricato di portare a termine la missione!

Sigint si unisce all'Unità FOX per la missione, ultima possibilità per l'Unità di uscire pulita dal precedente fallimento: se anche questo tentativo fallisse, verrebbe smantellata. ADAMO ed EVA, due ex-agenti dell'NSA, sono inviati a Tselinoyarsk da Nikita Sergeyevich Khrushchev come agenti KGB e, una volta sul posto, Snake farà ad ADAMO la domanda segreta "Chi sono I Patrioti?" a cui dovrà rispondere "La Li Lu Le Lo". 

30 Agosto 1964: Operazione Snake EaterDurante questa missione, Naked Snake viene aiutato via radio dal Maggiore Zero, Paramedico e da Sigint. Pochi minuti dopo essere arrivato sul sito, incontra The Boss che gli dice di tornare a casa dopo averlo sonfitto servendosi del CQC (Close Quarters Combat). Dopo ciò lei se ne va. Più tardi, lui incontra l'agente KGB EVA che lo aiuta a difendersi da Ocelot e la sua unità e gli dice dove si trova Sokolov. Durante il suo cammino Snake si scontra con Ocelot in un duello dal quale esce vittorioso, e in seguito a cui incontra il primo membro dell'Unità Cobra The Pain e lo uccide.

Invece di trovare Sokolov, Snake incontra Aleksandr Leonovic Granin, un altro scienziato, che è responsabile per lo sviluppo del primo carroarmato bipede: il Metal Gear. Dice a Snake che lui è il suo concept sono stati scartati da Volgin in favore dello Shagohod, concept di carroarmato creato da Sokolov. Granin dice inoltre a Snake che Sokolov è ora detenuto nella base militare di Groznyj Grad. Durante il suo cammino, Snake incontra altri due membri dell'Unità Cobra, The Fear e The End, che uccide durante un aspro combattimento.

Snake arriva vicino alla base militare in cui inconra EVA, che gli dice di essere un agente sotto copertura che finge di essere Tatyana, amante di Sokolov. Poco prima di aver raggiunto l'interno della base  Snake assiste alla morte di Granin durante l'interrogazione di Volgin e combatte contro The Fury, uccidendolo.

Dopo essersi infiltrato nella base, Snake sorprende Sokolov consegnando i dati sperimentali dello Shagohod ad EVA. In seguito ad una conversazione con Sokolov a proposito dello Shagohod e Tatyana, che in realtà si finge amante di Volgin, Snake viene scoperto e catturato da Volgin. 

Naked Snake deve ora superare una sessione di tortura per mano di Volgin che vuole sapere se si trovi li per l'Eredità dei Filosofi, un enorme ammontare di denaro raccolto dagli uomini più ricchi di Stati Uniti, Unione Sovietica e Cina nel 1918. Allo stesso tempo rivela dove è stato nascosto il microfilm contenente tutte le transazioni utilizzate per disperdere l'Eredità per banche di tutto il mondo. EVA (sotto copertura), Ocelot e The Boss sono tutti li. Snake perde il suo occhio destro durante l'interrogatorio ma riesce a salvare la vita di EVA. Snake viene sbattuto in cella.

Riesce a scappare, salta da una cascata e, poiché è vicino alla morte, incontra il fantasma di The Sorrow, una volta membro dell'Unità Cobra, in una specie di sogno lucido in cui incontra le anime di coloro che ha precedentemente ucciso. Riesce a districarsi da questo incubo e a dirigersi verso la cava in cui incontra EVA la quale gli dà del C-3, utile in seguito.

Snake allora torna a Groznyj Grad, piazza il C-3 nel deposito in cui è contenuto lo Shagohod ma, poco dopo aver impostato il timer, viene scoperto da Volgin, il quale è il compagnia di Ocelot, The Boss ed EVA, che è stata trovata mentre era alla ricerca del microfilm. Sapendo ora che EVA è una spia, Volgin  chiede a The Boss di nascondere il microfilm altrove, la quale accetta immediatamente, portando EVA  con se per sbarazzarsene. Snake sconfigge Volgin, esce dal deposito e trova EVA ad aspettarlo nel suo side-car. Lei gli dice che The Boss l'ha lasciata fuggire e che lo attende vicino al lago.

Fuggono assieme sulla motocicletta ma sono presto raggiunti da Volginche, ancora vivo, ha preso lo Shagohod prima dell'esplosione del C-3. Snake distrugge lo Shagohod e sconfigge Volgin, poi colpito da un fulmine.

Snake ed EVA  finalmente arrivano al lago in cui The Boss sta aspettando. Prima della battaglia finale, The Boss distrugge Groznyj Grad e il laboratorio di ricerca di Granin con l'ultimo Davy Crockett e spiega a Snake la sua visione del mondo come vorrebbe che fosse. Parla a proposito dei Filosofi e il loro primo e vero obiettivo: mantenere la pace sulla terra. Parla inoltre della sua sofferenza, dei suoi sacrifici come soldato e del suo dolore come madre il cui figlio le è stato portato via alla nascita - diversi elementi portano a capire che questo suo figlio non è nessun'altro che Ocelot. Finalmente parla di quando ha abuto la visione di un mondo unito, viaggiando nello spazio durante il Programma Mercury.  Il suo desiderio più grande è quello di un mondo senza frontiere, che era il piano orginale dei fondatori dei Filosofi.

Snake sconfigge The Boss dopo un lungo e aspro combattimento. Prima di morire, The Boss consegna a Snake  il microfilm e gli chiede di portare avanti i suoi piani e porre fine alla sua miseria. 

Snake si serve della pistola di The Boss, una Patriota, e la uccide. In seguito raggiunge  EVA che lo attende su un acquaplano vicinoi al lago e, dopo un ultimo duello con Ocelot, partono.

Spendono la notte insieme, ma quando Snake si risveglia, EVA  è sparita. Ha lasciato una cassetta audio che spiega tutto: lei non è la EVA che lasciò l'NSA per l'URSS nel Settembre del 1960, ma una spia incaricata di reperire l'Eredità dei Filosofi per la fazione Cinese dei Filosofi. (The Boss era al corrente di tutto ciò e così lasciò EVA fuggire con il microfilm). Spiega tutto a Snake inoltre, a proposito della vera missione di The Boss:

The Boss era in realtà stata inviata dalla CIA per reperire e mettere al sicuro l'Eredità dei Filosofi.

La sua diserzione verso la fazione Sovietica era in realtà un ordine degli USA per consentirle di contattare Volgin. L'unico evento inaspettato era il lancio del Davy Crockett sul laboratorio da parte di Volgin. The Boss dovette dare la sua vita per apparire agli occhi di tutti come una traditrice della patria e dare la possibilità al governo degli Stati Uniti di salvare la faccia. La verità è che fu una vera patriota, una vera eroina che ha sacrificato la sua vita e il suo onore, e che passerà alla storia, ufficialmente, come una criminale di guerra.

Naked Snake diventa Big Boss per aver portato l'Eredità indietro e aver sconfitto il suo mentore, The Boss, ma lascia l'Unità FOX dopo aver appreso di tutta questa vicenda.

Come svolta finale nella vicenda, Ocelot viene scoperto come triplo agente. Come ha detto a Snake, era membro del KGB come ADAM, l'agente dell'NSA che abbandonà la fazione USA, e a cui fu affidata la missione di abbattere il Primo Segretario Sovietico Nikita Sergeyevich Khrushchev. Nonostante ciò, il suo "vero" mandante era il Direttore della CIA, un'organizzazione dei Filosofi, che gli ha chiesto di reperire l'Eredità dei Filosofi per conto degli Stati Uniti. Per questo, è stato aiutato da The Boss, e, ovviamente, da Naked Snake. Ocelot dice alla CIA che solo metà dell'Eredità dei Filosofi è sul microfilm. L'altra metà è ancora in mano al KGB e, in qualche modo, riuscirà a trovarla in seguito e tenerla per se. Consegna inoltre i disegni tecnici del concept del Metal Gear  di Granin.